Ümumilikdə muzeyin əsas fondunda Ulu Öndərin həyat və fəaliyyəti, onun Göyçaya səfərləri ilə bağlı 518 eksponat yerləşir. Muzeydə Ümummilli Liderin həyat və fəaliyyətini əks etdirən 215 eksponat nümayiş olunur. Ekspozisiya guşəsində dahi şəxsiyyətin uşaqlıq, tələbəlik və gənclik illəri, 1969-1982-ci illərdə Azərbaycana rəhbərlik etdiyi dövrlər, 1982-1987-ci illərdəki fəaliyyəti, II hakimiyyəti illəri və Heydər Əliyevin Göyçay rayonuna səfərlərini əks etdirən eksponatlar yerləşir. O cümlədən, zalda Heydər Əliyevin şəxsi arxivindən götürülmüş sənədlərin surəti (22 ədəd) stendlərdə nümayiş olunur.

Muzeyin ilk eksponatı Ümummilli liderimizin iş otağından götürülmüş Naxçıvandakı məşhur ”İlanlıdağ”ın fotoşəklidir. Bu Ulu Öndərin Vətən sevgisinin, Azərbaycan torpağına ülvi bağlılığının daha bir təsdiqidir. Göylərə dikələn sal qaya-dağ böyük şəxsiyyətin özünün dağ vüqarı ilə həmahənglik təşkil edir. 1998-ci il 15 mayda H.Əliyevə Rusiya rəssamı Nikas Safranovun sərgisinin açılışı zamanı “İlanlıdağ” rəsm əsərini təqdim etmişlər. Burada Ulu Öndərimiz bu mənzərə rəsmi haqqında fikirlərini belə söyləmişdir : ” Mən bir çox ölkələrdə olmuşam, çox dağlar görmüşəm, amma İlanlıdağ kimi dağa rast gəlməmişəm. Maraqlıdır ki, günün bütün vaxtlarında, günəş şüalarından asılı olaraq bu dağın rəngi köklü surətdə dəyişir. Bu isə təbiətdə nadir bir haldır. Mənim uşaqlıq və gənclik çağlarım bu dağın ətəklərində keçib və mən həmişə bu dağa heyran qalmışam”

Muzeydə Ümummilli Lider Heydər Əliyevin həyat və siyasi fəaliyyətini əhatə edən eksponatlar 6 bölmədə yerləşdirilmişdir.

1.Birinci bölmədə Ulu Öndərin uşaqlıq, gənclik və tələbəlik illəri yer almışdır

Azərbaycanın böyük oğlu Heydər Əlirza oğlu Əliyev 1923-cü il mayın 10-da Naxçıvan şəhərində anadan olmuşdur. 1939-cu ildə Naxçıvan Pedaqoji Texnikumunu bitirdikdən sonra Azərbaycan Sənaye İnstitunun memarlıq fakültəsinə daxil olmuşdur, lakin ikinci dünya müharibəsinin başlanması ilə əlaqədar təhsili yarımçıq qalmışdır. 1941-1944-cü illərdə Naxçıvan MSSR Xalq Daxili İşlər Komisarlığında və Xalq Komisarları Sovetində məsul vəzifəsində çalışmışdır.

2.İkinci bölmədə Heydər Əliyevin Dövlət Təhlükəsizlik orqanlarında çalışdığı dövr yer almışdır.

Heydər Əliyev Dövlət təhlükəsizliyi orqanlarında 25 il (1944-1969) çalışmışdır.1947-ci ildə NR-sı DTK-sı yanında qısa müddətli kurslarda təlim keçmişdir. Həmin il NR-si DTK-nın 5-ci şöbəsinin rəisi təyin olunmuşdur. 1949-cu ilin mayında H.Əliyevin 26 yaşı tamam olduğu ərəfədə baş leytenant Leninqradda operativ rəhbər heyətin yenidən hazırlanması məktəbinə oxumağa göndərilir. H.Əliyev 1950-ci ildə DTK-nın Ali məktəbində Leninqard və Moskva şəhərlərində xüsusi ali təhsil almışdır. Bu ərəfədə H.Əliyev kapitan rütbəsinə qədər yüksəlir. 1952-ci ildə H.Əliyevə Kapitan rütbəsi verilib. O,1965-ci ilə Azərbaycan SSR Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsi sədrinin müavini, 1967-ci ildə isə sədri vəzifəsinə irəli çəkilmişdir. H.Əliyevə 1967-ci ildə SSRİ Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsi tərəfindən general-mayor rütbəsi verilmişdir.

3.Üçüncü bölmədə 1969-cu ildən Heydər Əliyevin Azərbaycana rəhbərlik etdiyi dövr yer almışdır.

1969-cu il 14 iyul plenumunda Heydər Əliyev Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin birinci katibi seçilərək respublikanın rəhbəri olmuşdur. Onun 70-80-cı illərdəki çoxillik məqsədyönlü və titanik fəaliyyəti nəticəsində Azərbaycan sənaye və kənd təsərrüfatının strukturu köklü dərəcədə dəyişmiş, bir çox yeni zavodlar, fabriklər, elektrik stansiyaları tikilib işə salınmış, taxılçılıq, pambıqçılıq, üzümçülük inkişaf etdirilmişdir. 1969-1982-ci illər ərzində Azərbaycanın ictimai-siyasi həyatında böyük dönüş baş vermiş, bugünkü müstəqilliyimizin əsasını təşkil edən iqtisadi, siyasi, sosial, elmi, mədəni potensial yaranmışdır. Bu illər ərzində Azərbaycanda 1155 kitabxana, 1316 klub, 849 məktəb, 44 muzey, 656 səhiyyə ocağı istifadəyə verilmişdir. Ölkədə böyük nüfuz qazanmış Heydər Əliyev 1976-cı ildə Sovet İttifaqı KP MK Siyasi Bürosu üzvlüyünə namizəd seçilmişdir.

4.Dördüncü bölmədə Heydər Əliyevin Göyçaya olan səfəri yer almışdır.

H.Əliyev I hakimiyyət illərində üç dəfə Göyçay rayonuna səfər edib (1972, 1978, 1981). H.Əliyev 1972-ci ildə “ S.Vurğun” kolxozunda, 1978-ci ildə “Şirvan və Engels” kolxozlarında, 1981-ci ildə isə Bığır və İnçə kəndlərində olub. Burada Heydər Əliyev 75 çarpayılıq xəstəxana tikilməsinə göstəriş vermişdir. Muzeydə yerləşən, Heydər Əliyevin Göyçaya etdiyi səfərini əks etdirən eksponatlar yalnız 1978-ci ili əhatə edir. Məhz Heydər Əliyevin köməkliyi nəticəsində Göyçay çayında sahilbərkitmə və seldən mühafizə məqsədi ilə 7 metr hündürlüyündə, 252 metr uzunluğunda beton bənd çəkilmişdi. Bu, sahil boyunca yaşayan 200 nəfərdən artıq ailənin ev və həyətyanı torpaq sahələrinin sel sularından dağılmaq təhlükəsini aradan qaldırmışdır.

5.Beşinci bölmədə Heydər Əliyevin 1982-1992-ci illərdəki fəaliyyətini əks etdirən eksponatlar yer alır.

1982-ci ilin dekabrında Sovet İttifaqı Komunist Partiyası Mərkəzi Komitəsi Siyasi Bürosunun üzvü seçilən H.Əliyev SSRİ Nazilər Soveti sədrinin birinci müavini vəziəsinə təyin edilmiş və SSRİ-nin rəhbərlərindən biri olmuşdur. Heydər Əliyev 20 ilə yaxın SSRİ Ali Sovetinin deputatı olmuşdur. 80-ci illərin sonunda sovet rəhbərliyinin apardığı yarıtmaz siyasət bir çox sahələrdə xaosa gətirib çıxarmışdı. Məhz bu səbəblərə görə H.Əliyev 1987-ci ildə Sovet rəhbərliyinin yeritdiyi siyasətə etiraz edərək tutduğu vəzifələrdən istefa verdi. 1990-cı il Yanvar faciəsindən sonra H.Əliyev Azərbaycana qayıdır. O, Naxçıvanda 3 il tarixə bərabər ömür yaşayır. H.Əliyevin təşəbbüsü ilə 1992-ci ilin avqustunda “ İran İslam Respublikası ilə müxtəlif sahələrdə əməkdaşlıq haqqında” sənəd imzalandı. Naxçıvan aeroportu yenidən quruldu.

6.Altıncı bölmədə Heydər Əliyevin II hakimiyyəti illəri (1993-2003) yer almışdır.

1993-cü il oktyabrın 3-də ümumxalq səsverməsi nəticəsində H.Əliyev Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçildi. Onun Azərbaycan rəhbərliyinə qayıdışı ilə ölkənin ictimai, siyasi, sosial, iqtisadi, elmi-mədəni həyatında, beynəlxalq əlaqələrində dönüş yarandı, elmi əsaslara beynəlxalq norma və prinsiplərə uyğun, müstəqil dövlət quruculuğu prosesi başlandı. Azərbaycan dövlətçiliyinə böyük təhlükə olan 1994-cü il oktyabr və 1995-ci il mart dövlət çevrilişi cəhdlərinin qarşısı alındı, dövlət müstəqilliyi qorunub saxlandı, silahlı yolla hakimiyyətə gəlmək cəhdlərinə son qoyuldu. Milli ordu quruculuğunda ciddi dəyişikliklər başladı.1994-cü ilin mayında atəşkəs elan edilməsinə nail olundu. 1995-ci ilin noyabrında Konstitusiya qəbul edildi, ölüm cəzası ləğv olundu. Bələdiyyə seçkiləri haqqında qərar qəbul olundu.

Xalqın iradəsi, çağırışı və təkidi ilə 1993-cü ildə Heydər Əliyevin hakimiyyətə qayıdışı Azərbaycanın siyasi və iqtisadi həyatında taleyüklü dəyişikliklərin başlanğıcını qoydu.

1994-cü il sentyabrın 20-də Bakıda "Gülüstan" sarayında Qərbin neft şirkətləri ilə bağlanmış neft sazişi müstəqil Azərbaycan Respublikasının yeni tarixinin şanlı səhifəsini açdı. Sonradan haqlı olaraq "Əsrin müqaviləsi" adlandırılan bu saziş həqiqətən müstəqil Azərbaycanın neft salnaməsinə əbədi həkk olundu.

"Əsrin müqaviləsi" adı ilə indi bütün dünyada tanınmış bu müqavilənin imzalanması və onun gerçəkləşməsi müstəqil Azərbaycanın iqtisadi inkişaf konsepsiyasını təşkil edən və böyük siyasətçi Heydər Əliyev tərəfindən işlənib hazırlanmış neft strategiyasının həyata keçirilməsinin parlaq təzahürüdür.

Azərbaycanın "Əsrin müqaviləsi"ndən başlanan yolu haqqında Heydər Əliyev demişdir: "1994-cü ildən Azərbaycan dövləti özünün yeni neft strategiyasını həyata keçirir və bu strategiyasının da əsas mənası, əsas prinsipləri Azərbaycanın zəngin təbii sərvətlərindən, o cümlədən neft və qaz sərvətlərindən Azərbaycan xalqının rifahı naminə daha da səmərəli istifadə etməkdən ibarətdir".

1999-cu il noyabrın 18-də ATƏT-in İstanbul Zirvə görüşünün gendişində Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyev, Gürcüstanın Prezidenti Eduard Şevardnadze və Türkiyə Cümhuriyyətinin Prezidenti Süleyman Dəmirəl "Xam neftin Azərbaycan Respublikası, Gürcüstan və Türkiyə Cümhuriyyətinin ərazilərilə Bakı-Tibilisi-Ceyhan əsas ixrac boru kəməri vasitəsilə nəql edilməsinə" dair saziş imzalamışlar. Eyni zamanda Azərbaycan Respublikası, Gürcüstan, Türkiyə Cümhuriyyəti, Qazaxıstan Respublikası və Amerika Birləşmiş Ştatlarının Prezidentləri bu layihəni dəstəkləyən "İstanbul Bəyannaməsini" imzalamışlar. Bununla da Azərbaycanın uzunmüddətli siyasi, iqtisadi mənafelərinin təmin edilməsi, genişmiqyaslı beynəlxalq əməkdaşlığın həyata keçirilməsi, eyni zamanda regionda sülhün, sabitliyin və təhlükəsizliyin bərqərar edilməsi üçün Heydər Əliyev tərəfindən növbəti mühüm addım atılmışdır.

Heydər Əliyevin dərindən düşünülmüş neft strategiyası nəticəsində Azərbaycan Xəzər dənizinin nəhəng enerji potensialını ilk mənimsəyən və regionun inkişafında keyfiyyətcə yeni iqtisadi modeli formalaşdıran, Avropa və Asiya arasında siyasi və ticarət əlaqələrinin genişləndirilməsində, Qafqaz nəqliyyat dəhlizinin inkişafında, İNOQEYT, TRASEKA və digər nəhəng layihələrin gerçəkləşməsində Xəzəryanı və Qafqaz regionunda mühüm rol oynayan bir dövlətə, dünyanın neft mərkəzlərindən birinə çevrilmişdir.